Στην προστατευόμενη περιοχή εντοπίζονται οι λίμνες Υλίκη και Παραλίμνη, καθώς επίσης και οι «Πηγές των Χαρίτων» που συνδέονται με τον ποταμό Βοιωτικό Κηφισό, ο οποίος εκβάλλει στην Υλίκη. Οι δύο λίμνες και οι ποταμοί Βοιωτικός Κηφισός και Μελάς σχηματίζουν ένα συνεχές σύστημα εσωτερικών υδάτων με πλούσια βιοποικιλότητα. Τα απογυμνωμένα, ασβεστολιθικά κυρίως, βουνά περικυκλώνουν την καλλιεργούμενη έκταση, η οποία αποτελεί μέρος της αποξηραμένης πλέον λίμνης Κωπαΐδας. Γύρω από την Παραλίμνη υπάρχουν μικροί αμπελώνες.
Τα είδη βλάστησης που χαρακτηρίζουν την ευτροφική λίμνη Παραλίμνη (Τύπος Οικοτόπου-Τ.Ο. 3150) είναι τα Potamogeton crispus, P. nodosus, Ceratophyllum demersum, Miriophyllum spicatum. Ο Βοιωτικός Κηφισός, χωρίς να έχει συνεχώς τρεχούμενα νερά, έχει τη χαρακτηριστική βλάστηση ενός μεσογειακού ποταμού που ρέει συνεχώς με Paspalo-Agrostidion και κρεμαστές κουρτίνες από Λευκές Salix alba και Populus alba (Τ.Ο. 3280). Στα μεσογειακά εποχικά τέλματα (Τ.Ο. 3170) συναντάμε τα είδη Cyperus fuscus, Crypsis alopecuroides και Menta pulegium. Η βλάστηση τύπου γκαρίγκ είναι ένας τύπος ανοιχτής, θαμνώδους, αείφυλλης μεσογειακής χαμηλής βλάστησης σε ασβεστολιθικά εδάφη (Τ.Ο. 5332) με κύριο εκπρόσωπο στην περιοχή το πουρνάρι (Quercus coccifera).
Η αξιοσημείωτη πανίδα της περιοχής περιλαμβάνει ενδημικά είδη ψαριών, όπως τα Scardinius graecus (ενδημικό των λιμνών), Barbus graecus (ενδημικό της περιοχής) και τα ελληνικά ενδημικά Rutilus beoticus και Rutilus ylikiensis. Ειδικά τα είδη Barbus graecus και το Rutilus ylikiensis θεωρούνται τοπικά απειλούμενα. Εδώ ζει και ένας γενετικά διαφοροποιημένος πληθυσμός του λιμνόφιδου Natrix tesselata.
Ο ποταμός Κηφισός είναι σημαντικός και για την παρουσία της ενυδρίδας (Lutra lutra). Στις σπηλιές γύρω από τη λίμνη Υλίκη μπορεί κάποιος να συναντήσει ένα ενδημικό είδος κολεόπτερου, το Laemostenus vignai. Στην περιοχή γύρω από τον Ορχομενό (Διόνυσος) υπάρχει το ενδημικό είδος Orthoptera Dolichopoda vandeli. Στην Καταβόθρα Αλιάρτου φιλοξενείται μια μητρική αποικία νυχτερίδων περίπου 3.000 ατόμων από τα είδη Myotis blythii, Myotis myotis και Miniopterus schreibersii. Το χειμώνα έχουν παρατηρηθεί μερικά άτομα των ειδών Rhinolophus blasii, Rhinolophus ferrumequinum και Rhinolophus hipposideros.
Ως υγρότοποι, οι λίμνες Υλίκη και Παραλίμνη είναι σημαντικό να αφεθούν να ανακάμψουν, αφού θεωρούνται σημαντικές περιοχές για τα πουλιά, ειδικά για κάποια είδη αρπακτικών. Είναι επίσης η νοτιότερη περιοχή φωλιάσματος πελαργών στην Ελλάδα.
Το νερό της Παραλίμνης αντλείται για την άρδευση των κοντινών καλλιεργειών και χρησιμοποιείται και για την ύδρευση της Χαλκίδας, ενώ της Υλίκης για την ύδρευση της Αθήνας.
ΠΗΓΗ
Επικαιροποιημένο SDF της GR2410001 (Μετάφραση, σύνταξη και επιμέλεια κειμένου, φωτογραφίες: Μονάδα Διαχείρισης Εθνικών Πάρκων Παρνασσού, Οίτης και Προστατευόμενων Περιοχών Ανατολικής Στερεάς Ελλάδας.