Με το Ν. 1650/1986 (ΦΕΚ Α’ 160) “Για την Προστασία του Περιβάλλοντος” καθορίζονται οι όροι και οι προϋποθέσεις για τον χαρακτηρισμό προστατευόμενων περιοχών. Ακολούθησε η ίδρυση Φορέων Διαχείρισης για την Διοίκηση και Διαχείριση των αντίστοιχων Προστατευόμενων Περιοχών.
Mε το Ν. 2742/99 (ΦΕΚ Α’ 207) εισάγεται ο θεσμός των Φορέων Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών και ορίζονται οι αρμοδιότητες τους ενώ με τον Νόμο 3044/2002 (ΦΕΚ Α’ 197) ιδρύονται οι πρώτοι είκοσι πέντε (25) Φορείς Διαχείρισης.
Με το Ν.4519/2018 (ΦΕΚ Α’ 25) κηρύσσεται το νομικό πλαίσιο των Φορέων Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών (Φ.Δ.Π.Π.), που με την ίδρυση οχτώ (8) νέων, καταγράφονται συνολικά τριάντα έξι (36) Φορείς Διαχείρισης με την χωρική τους αρμοδιότητα να εκτείνεται στις περιοχές του Δικτύου Natura 2000.
Με τον ιδρυτικό Νόμο 4685/2020 του Οργανισμού Φυσικού Περιβάλλοντος και Κλιματικής Αλλαγής (Ο.ΦΥ.ΠΕ.Κ.Α.) συστήνονται είκοσι τέσσερις (24) Μονάδες Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών (Μ.Δ.Π.Π.) σε επίπεδο τμήματος. Οι Μ.Δ.Π.Π. καλύπτουν το σύνολο των προστατευόμενων περιοχών, οι οποίες προσδιορίζονται στις περιοχές προστασίας της βιοποικιλότητας, τα Εθνικά Πάρκα, τα Καταφύγια Άγριας Ζωής και τα προστατευόμενα τοπία – προστατευόμενοι φυσικοί σχηματισμοί. Ο Οργανισμός αναλαμβάνει ρόλο κεντρικού φορέα συντονισμού της διακυβέρνησης και διαχείρισης του φυσικού περιβάλλοντος. Στα πλαίσια των αρμοδιοτήτων του ο Οργανισμός εκπονεί πρόγραμμα εφαρμογής των εγκεκριμένων σχεδίων διαχείρισης κάθε προστατευόμενης περιοχής που εγκρίνεται από τον Υπουργό Περιβάλλοντος και Ενέργειας.
Τα εργαλεία του Συστήματος Διακυβέρνησης Προστατευόμενων Περιοχών (Π.Π.), όπως καθορίζονται στο άρθρο 33 του Ν. 4685/2020 (ΦΕΚ Β’ 92/2020), με τα οποία δημιουργούνται οι συστημικές σχέσεις των φορέων του, με στόχο την Πολυεπίπεδη Διακυβέρνηση της πολιτικής για τις προστατευόμενες περιοχές είναι τα ακόλουθα:
α) η Εθνική Στρατηγική για τη Βιοποικιλότητα και το Πενταετές Σχέδιο Δράσης της,
β) το Πλαίσιο Δράσεων Προτεραιότητας για το δίκτυο Natura 2000,
γ) τα Προεδρικά Διατάγματα χαρακτηρισμού, οριοθέτησης και όρων προστασίας και χρήσεων γης των προστατευόμενων περιοχών (Π.Π.),
δ) τα εγκεκριμένα Σχέδια Διαχείρισης των Π.Π.,
ε) τα εγκεκριμένα Σχέδια Δράσης προστασίας ειδών και τύπων οικοτόπων,
στ) οι Προγραμματικές Συμβάσεις και τα Μνημόνια Συνεργασίας που συνάπτει ο Ο.ΦΥ.ΠΕ.Κ.Α. με άλλους δημόσιους φορείς,
ζ) το Πληροφοριακό Σύστημα Διοίκησης της Πολιτικής για τις προστατευόμενες περιοχές το οποίο υλοποιείται και λειτουργεί επιχειρησιακά από τον Ο.ΦΥ.ΠΕ.Κ.Α., η) η εποπτεία της κατάστασης διατήρησης των τύπων οικοτόπων και ειδών του άρθρου 11 της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ και οι εθνικές εκθέσεις του άρθρου 17 της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ και του άρθρου 12 της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ